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 第一，上海合作組織的存在是對美國霸權結構的內在批評。中國官員和有關學者一直強調「上合」的獨特性與新鮮性，「上合」前秘書長張德廣正因此曾經說該組織沒辦法把別的國際組織作為楷模。原因在於北京想要把「上合」和美國的輪輻同盟系統作一個強烈的對比。北京認為美國的軍事聯盟是過時的，不符合新的世界趨勢，而「上合」與它的內在價值適合世界的新需求，因而是後來居上，青出於藍。
第二，「上合」的存在意味著中國與俄羅斯希望主導中亞安全、經濟以及能源事務。這不是說「上合」主動地把美國從中亞趕走，但是它積極的保證中國與俄羅斯有比美國更具權威性的發話權。美國曾經表示作「上合」觀察員國的意願但是被拒絕了。在2005年，「上合」宣言也說美國應該給它中亞的基地定一個限期。先不說「上合」而說美中俄關係。從中國和俄羅斯的共同宣言可以看出它們認為中俄關係對世界的多極化有重要的推動性。中俄關係也是「上合」的主要樑柱。從中國學者都對俄格衝突的共識可以看出，中國也把俄格衝突歸咎於美國，因此，可以說中國和俄羅斯在美國所謂的單極世界與霸權上保持著極其一致的態度。俄羅斯與美國之間的衝突來自於俄羅斯要在他的後院保持一個勢力範圍的預謀，美國則認為一個國家偏於哪個國家是它自己的決定。在中國精英界，勢力範圍應該是帝國主義的霸權或強權的東西。因此，中國精英界支持俄羅斯時，它們又表現它們對美國霸權的反感，又不譴責俄羅斯用武力保證傳統勢力範圍的新帝國主義行為，因而這在某種程度上不合乎和諧世界的原則。雖然「上合」的內在批評不見得有效，而它也不直接向美國硬抗衡，不過也不能說它完全不針對他國。
第二個矛盾出在上海合作組織如何實踐他所謂的尊重主權原則。與其說「上合」尊重成員國的主權，不如說它積極地支持現狀政府。首先，上海合作組織不分恐怖分子與持不同政治意見者。安集延屠殺被「上合」當作反恐運動而支持烏茲別克坦政府。2007和平使命軍事演習也被很多軍事專家看成反顏色革命的練習。「上合」作為OSCE的代替品來保證中亞與俄羅斯選舉的正當性。中國通過「上合」用它的員警學校培養中亞政府的公安局人員。中國的行為不管是好是壞，它確實積極地支持中亞國家壓迫本地的民主活動。中國認為這樣作符合它的利益。西方國家為了解決人權問題會干涉內政，但是中國支持現狀政府和偏於權威政府也是一種干涉，因為它在某種程度上在阻撓中亞國家自然而然形成的政治道路。
第三個問題是「上合」在結構上的獨特性。如果和諧世界是上海合作組織的背後思想，它跟其他的國際組織有基本上的區別嗎？「上合」真的像那些官員和有關學者說的，就是一種完全新型的組織和國際關係理論學的新里程碑？依我看，在某些方面，「上合」確實有它的獨到之處，然而它們有點模糊，而且這些所謂的獨到之處意味著的是什麼仍然不清楚。
曾經也有學者研究是否有一個新的組織與西方國家有不同的國際關係準則，那個組織就是東盟。Amitav Acharya認為東盟的開放性、集體安全和共識表現出東盟國家對外來多邊主義模式的反感。他認為東盟宣導的價值包括支持聯合國、不干涉內政、不訴諸武力，但是依他看這些價值不算新，但是東盟的不正式性和人與人之間關係的重視確實是獨特的。因此，在國際價值和結構上「上合」和「東盟」非常接近。
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